1、承包人没有资质，导致合同无效。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条，“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第(五)项的规定，认定无效：a、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的;b、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;c、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。”在建设工程合同中，经常会出现一些非法转包，违法分包的情况，违反了法律的禁止性规定导致合同无效，以至于当事人的合法利益受到损害。或者签订合同的承包人是挂靠经营，自己根本不具备承包工程的资格。因此，在签订合同时，发包人或者业主要严格的对承包人的资格进行审查，以免发生纠纷。
2、拖欠工程款。
工程款拖欠也是建设工程合同发生纠纷的主要原因之一。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，第26条，“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。”司法解释为了维护实际施工人的利益，规定了发包人对于欠付工程款的责任。因此在合同的订立时，当事人最好约定违约金，这样可以约束发包人或者分包人的行为。
建筑工程施工合同纠纷如何处理?
1、和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
2、调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。 双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。
3、仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
4、诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
建筑工程施工合同纠纷该如何避免?
1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。
2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。
3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。
4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。
5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。
6、及时解决工程中的索赔问题。
7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。
8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。
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